Kościół wzniesiony został w 1674 roku z fundacji biskupa Stefana Wierzbowskiego. Umieścił on tu marianów, razem z założycielem, ojcem Stanisławem Papczyńskim. Wtedy wokół Wieczernika wybudowane były pojedyncze cele dla zakonników, istniał także refektarz oraz biblioteka, obecnie jedynym śladem po tych elementach są fundamenty zakopane pod ziemią. Obecnie budynek nie posiada cech określonego stylu architektonicznego. Kościół kryje w sobie sarkofag z XVIII wieku w którym znajduje się trumna ze szczątkami Św. Ojca Stanisława Papczyńskiego, założyciela zakonu marianów. Wewnątrz obiektu znajduje się kilka ciekawych zabytków: krucyfiks z XVII wieku, drewniane figury Św. Józefa i Św. Ludwika IX z XVII wieku, ikona Matki Bożej z Dzieciątkiem z XVII wieku (prawdopodobny dar Jana III Sobieskiego dla Stanisława Papczyńskiego, który był spowiednikiem króla) oraz dwustronny feretron Bożej Opatrzności. W parku przy sanktuarium umieszczone są pozostałości po figurach z drogi krzyżowej, pierwotnie istniejącej przy ulicy Kalwaryjskiej.