W tym miejscu we wsi Góra stał pierwotnie kościół parafialny pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny. Pierwsze wzmianki o nim i istniejącej tu parafii pochodzą z 1252 r. W 1657 r. kościół spłonął podczas pożaru, wymagał zatem gruntownej odbudowy, której dokonał w 1670 r. założyciel Nowej Jerozolimy biskup Stefan Wierzbowski (1620–1687). 

Poznański biskup dostrzegł walory i doskonałe położenie Góry i w latach 1666-1667 nabył zniszczoną w czasie po­topu szwedzkiego wieś od braci Mikołaja i Konstantego Górskich oraz Anny z Cieci­szewskich Niemierzyny, z zamiarem utwo­rzenia w tym miejscu sanktuarium Męki Pańskiej oraz ośrodka pielgrzymkowego ze stacjami drogi krzyżowej. 

Miasto powstało na wzór Jerozoli­my z czasów Chrystusa. Według koncepcji fundatora układ urbanistyczny Nowej Je­rozolimy, która uzyskała prawa miejskie w 1670 r., oparty został na planie krzyża łacińskiego. Jego ramiona stanowiły dwie główne ulice — Pijarska i Dominikańska — przecinające się pod kątem prostym z ulicą Kalwaryjską i rynkiem. Biskup Wierzbowski stworzył z dawnej wsi Góra sanktuarium, które stało się unikatowym miastem w skali europejskiej. Nowa Jerozolima jeszcze za jego życia była jednym z ważniejszych miejsc pielgrzymkowych w kraju. 

Świątynia, która powstała na nadwiślańskiej skarpie z inicjatywy bpa Wierzbowskiego, została przez niego przekazana bernardynom. Fundator miasta sprowadził do niej z rzymskich katakumb św. Pryscylli relikwie św. Waleriana, męczennika z III w., które umieszczono wewnątrz kościoła w wykonanym z czarnego marmuru sarkofagu. Dodatkowo biskup ustanowił św. Waleriana patronem ziemi czerskiej. Kult relikwii świętych w XVII w. pełnił bardzo ważne funkcje religijne, moralne i społeczne, dawał także poczucie bezpieczeństwa za sprawą opieki patronów.

Obok kościoła znajdował się murowany, jednoskrzydłowy klasztor bernardynów, w którym mieściło się studium teologii moralnej bernardynów. Za klasztorem znajdowały się obszerny ogród oraz sad, a cały zespół był otoczony ogrodzeniem. 

Kościół bernardynów przetrwał do połowy XVIII w., kiedy to został zniszczony przez potężną wichurę. Fundatorem nowej, murowanej świątyni, którą dziś możemy podziwiać, był marszałek koronny Franciszek Bieliński (1683-1766). Nowy kościół został zbudowany na podstawie projektu włoskiego architekta Jakuba Fontany. Marszałek Bieliński poprzez inicjatywę zbudowania nowej świątyni w Górze Kalwarii chciał uczcić zmarłą w 1755 r. żonę Dorotę z Przebendowskich.

Franciszek Bieliński rezydował w Pałacu Bielińskich w Otwocku Wielkim zlokalizowanym na północ od Góry Kalwarii, na prawym brzegu Wisły. Według legendy nakazał wyciąć wszystkie drzewa zasłaniające widok z pa­łacu w Otwocku Wielkim na kościół parafialny w Górze Kalwarii. Po śmierci został pochowany w podziemiach kościoła, którego był fundatorem.

^{oprac. dr Piotr Rytko}